Nascido em Araguatins, veio a Imperatriz estudar em 1979, quando começou participou de atividades da Igreja Nossa Senhora do Pérpetuo Socorro.

Estudou Teoria Bíblica e Jornalismo na França. Em 1984, entrou para o Seminário em São Luís e em 15 de julho 1990 foi ordenado padre na Catedral Nossa Senhora de Fátima. Foi o primeiro padre ordenado pela Diocese de Imperatriz.

Quando Dom Gilberto foi transferido para a Diocese de Crato, no Ceará, o padre Francisco Lima se tornou administrador diocesano de Imperatriz poque, segundo o Código de Direito Canônico, quando um bispo é substituído o Conselho de Presbíteros torna-se Colégio de Consultores e oito dias após o bispo substituído tornar posse, é preciso anunciar o padre eleito como administrador diocesano. E foi quando foi escolhido.